清潔是指去除灰塵、污垢和有機污漬。清潔方法包括刷、吸、干擦、洗滌或用浸泡肥皂水或清潔劑的濕布拖擦。粉塵、污物以及有機物是微生物的棲身之所，并可能影響除污染劑（抗菌劑、化學(xué)殺菌劑以及消毒劑）的作用。
二氧化碳培養(yǎng)箱必須先經(jīng)過清潔才能實現(xiàn)消毒和滅菌的目的，許多殺菌劑只對經(jīng)過清潔過的物品才具有殺菌活性。清潔時必須使用與以后使用的消毒劑或殺菌劑化學(xué)性質(zhì)上相容的試劑進行清潔、消毒。
1、清潔箱體表面：先拂去表面的灰塵，再用濕的海綿或軟布清洗，再用軟布擦干。如果有污物則用低濃度的清潔劑清洗，然后擦干。
2、清洗箱體內(nèi)部：選擇合適的消毒劑。所有的物件和表面必須徹底清洗，然后用無菌水沖洗，再擦干或晾干。
3、清洗玻璃門：清洗箱內(nèi)的玻璃門時使用的清潔劑和清洗培養(yǎng)箱內(nèi)部時使用的相同。然后用蒸餾水漂洗，從而清除殘留的清潔劑，然后用軟布把門擦干。
消毒是指殺死微生物的物理或化學(xué)手段，但不一定殺死其孢子。滅菌是指殺死所有微生物，當(dāng)二氧化碳培養(yǎng)箱內(nèi)細胞受到污染時則需要采取滅菌措施。
一般，在二氧化碳培養(yǎng)箱內(nèi)細胞沒有污染的情況下平均1-3個月徹底消毒一次。常用的3種消毒滅菌的方式是：液體消毒劑、紫外和干熱。
1、液體消毒劑：選擇對二氧化碳培養(yǎng)箱無腐蝕性的液體消毒劑，并且液體消毒劑的消毒效果好壞和很多因素有關(guān)。比如：場所的溫度、接觸時間、pH、穿透能力、有機物的反應(yīng)。
這些因素中的一些很小的變化可能會造成去污劑的效力上大的不同。因此甚至在很有利的情況下，當(dāng)最終要求必須無菌時，液體去污劑也不是完全可信賴的去污方法。
2、紫外消毒：一般先用蒸餾水清洗干凈后，再用培養(yǎng)箱自帶的紫外燈照射一天。當(dāng)紫外燈在有遮光罩的情況下照射時，紫外線照射到腔體的次數(shù)很少。
3、干熱滅菌：當(dāng)CO2培養(yǎng)箱用于污染危險區(qū)域時，干熱滅菌可作為清潔室內(nèi)的附加手段。干熱滅菌采用6面直接加熱，加熱溫度高達125°C。這使得腔體能夠破壞細菌。高溫（125°C）在培養(yǎng)箱中保持2小時以上。
經(jīng)過8小時的滅菌程序（包括2-3小時的預(yù)熱時間，具體情況取決于溫度），滅菌室內(nèi)的溫度降低并恢復(fù)到37°C或上一個程序設(shè)定的溫度。
除了以上幾種方法外，還可以采用聯(lián)合殺菌的方法，幾種消毒滅菌的方法同時使用來達到徹底清潔的效果。
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